| 國科會大專生計畫 | 黃伊晨 (2020); 許育綾 (2021); 鄭乃榮 (2024); 梁芷婕 (2025); 馬瑄妤 (2025); 鍾立宸 (2026) |
| 生醫學院大專生計畫 | 黃伊晨(2019); 馮家鳴 (2019, 2020); 朱育昕 (2021); 陳思伃 (2022); 田棋文 (2023); 張碧讌 (2025) |
| 國衛院清大聯合學術會議優秀壁報競賽 | 馮家鳴 (2020); 陳品旭 (2021) |
| 生醫學院學術研討會論文比賽 | 朱育昕 (2023) |
| 生醫學院學術研討會優秀壁報競賽 | 簡嘉貞 (2019); 馮家鳴 (2020, 2021); 王榕萱 (2023); 陳思伃 (2024); 羅紹芸 (2024) |
| 生醫學院3分鐘英語學術簡報競賽 | 張碧嬿/第三名 (2026) |
| 國科會大專學生研究計畫研究創作獎 | 馬瑄妤 (2026) |
| 俞國華獎學金 | 馮家鳴 (2020); 黃伊晨 (2020) |
| 沈巨塵先生清華獎學金 | 馮家鳴 (2020); 黃伊晨 (2020); 朱育昕 (2022) |
| 台灣生物技術暨生化工程國際研討會獲海報論文競賽 | 王重良 (2024) |
| 默克年輕科學人獎 | 馮家鳴 (2022) |
| 全國三分鐘生科論文口說競賽 | 馮家鳴 (2020) |
| 清華大學行健獎 | 馮家鳴 (2020) |
| 梅貽琦紀念獎章 | 馮家鳴 (2021) |
| 斐陶斐榮譽會員 | 馮家鳴 (2021) |